В 1856 году на средства известного нарвского купца Павла Ивановича Орлова по проекту архитектора Виктора Карловича Рейера на Ивангородском кладбище была построена часовня, а также каменная ограда и ворота, частично сохранившиеся до наших дней.

В 1859 году часовня была перестроена в церковь, в которой устроили фамильный склеп Орловых. В склепе установили мраморные саркофаги с останками покойных.

В конце ХIХ века в церкви время от времени проводил богослужения эстонский православный приход.

В 1919 году во время военных действий кладбищенская церковь была частично разрушена, но вскоре восстановлена. Она прекрасно пережила Вторую Мировую войну.

В послевоенное время храм постепенно начал разрушаться. Попытки его восстановить предпринимались в 1989 году, но из-за нехватки денег ничем не увенчались.

30 июля 2023 года, в Неделю 8-ю по Пятидесятнице, день памяти святых отцов шести Вселенских Соборов, Преосвященнейший епископ Гатчинский и Лужский Митрофан совершил чин великого освящения восстановленного храма в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла в Ивангороде и Божественную литургию в новоосвященном храме. Настоятель храма иеромонах Ярослав.